Manta se encuentra hospitalizado y recuperándose lentamente debido al duro y traumático combate contra el necromante Faust VIII. Al descubrir devastado que Yoh ha perdido oficialmente su primer combate y quedó gravemente herido por su culpa, va a pedirle perdón con lágrimas.

Sin embargo, Yoh, todavía profundamente enfadado y frustrado consigo mismo por su fracaso, le dice duramente a Manta que no quiere verle más, culpándose por no haber podido protegerlo. Manta, devastado emocionalmente, vuelve triste a su vida normal intentando olvidar todo.

Pasando por delante de la casa de Yoh días después, se encuentra con Ryu, quien le cuenta detalladamente todo lo que ha pasado: Yoh y Anna se han marchado misteriosamente. Ambos deciden inmediatamente emprender un largo viaje para buscar a Yoh y a Anna, quienes se han marchado a realizar un entrenamiento especial secreto.

Yoh y Anna llegan finalmente a la casa ancestral de unos familiares de la familia Asakura en Izumo, una región sagrada. Anna decide severamente que Yoh debe realizar un entrenamiento extremo y peligroso en la legendaria Cueva de Yomi, un lugar oscuro, maldito y peligroso donde una persona de corazón impuro puede desvanecerse y perderse para siempre en la oscuridad.

Yoh, aunque plenamente consciente del riesgo mortal, decide entrar valientemente con determinación renovada para superar sus límites, mientras Ryu y Manta siguen arduamente de camino hacia allí, enfrentando peligros en su búsqueda.