La historia comienza cuando Manta Oyamada, un estudiante de secundaria de baja estatura pero con alto coeficiente intelectual, decide tomar un atajo por el cementerio Funbari durante la noche para llegar a casa. Allí tiene un encuentro que cambiará su vida para siempre: conoce a Yoh Asakura, un misterioso chico relajado que está conversando tranquilamente con fantasmas y espíritus bajo la luz de la luna.

Inicialmente aterrorizado por lo que ve, Manta descubre que Yoh es un chamán, alguien capaz de ver y comunicarse con los espíritus de los muertos. Yoh le explica con naturalidad sobre el mundo espiritual, presentándole a varios fantasmas que residen en el cementerio.

Mientras tanto, Ryu (conocido como "Bokuto no Ryu", el dragón de la espada de madera), un delincuente temido por toda la zona, busca su "lugar favorito" perfecto en el cementerio para contemplar las estrellas. Cuando descubre que su lugar ideal ha sido profanado, culpa furiosamente a Manta y lo ataca brutalmente con su espada de madera.

Yoh decide intervenir para proteger a su nuevo amigo. En el cementerio, Yoh realiza por primera vez un Hyoui Gattai (fusión de espíritu y cuerpo) con Amidamaru, un legendario samurai que murió hace 600 años y cuya tumba también había sido profanada por Ryu. Con los poderes combinados de Yoh y Amidamaru, derrotan fácilmente a Ryu, demostrando el increíble poder de un chamán.

Este episodio establece las bases de la serie: la amistad entre Manta y Yoh, la introducción al mundo de los chamanes, y el primer encuentro con Amidamaru, quien se convertirá en el espíritu acompañante más importante de Yoh en su camino para convertirse en Shaman King.